WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) and EM-seq (Enzymatic Methylation) Service
WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) and EM-seq (Enzymatic Methylation) Service
WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) and EM-seq (Enzymatic Methylation) Service
Il sequenziamento del bisolfito dell’intero genoma (WGBS) e la metilazione enzimatica (EM-seq) sono i metodi di scelta per ottenere un profilo completo di metilazione del DNA, valutando i modelli di metilazione di quasi tutti i siti CpG dell’intero genoma. Confrontando la proporzione di citosine non convertite e convertite nella stessa posizione, i livelli di metilazione sono determinati con precisione.
Il sequenziamento della metilazione a livello di genoma (WGBS e EM-seq) fornisce informazioni approfondite sulla regolazione genica, consentendo l’identificazione di nuovi marcatori epigenetici e bersagli per la malattia.
Analisi approfondita della metilazione del DNA
- Soluzione molto potente per la scoperta di biomarcatori a livello di genoma compatibile con campioni di cfDNA e FFPE a basso input e altamente frammentati
- Risoluzione a singolo nucleotide
- Valutazione dello stato di metilazione di quasi tutti i siti CpG dell’intero genoma
- Rilevamento di modelli di metilazione globali anche al di fuori delle isole CpG e in regioni a bassa densità di CpG
- Identificazione di regioni o anche loci con metilazione differenziale tra gruppi utilizzando strumenti bioinformatici
- Identificazione del pattern di metilazione/firma predittiva e discriminante di diversi gruppi con approccio di Data Mining
- Fornire una migliore comprensione dello sviluppo e della malattia
Servizio end-to-end completo
- Dal controllo qualità del DNA al sequenziamento dei dati grezzi
- Uno scienziato dedicato che guida il tuo progetto con una comunicazione high touch
- Supporto bioinformatico di alta qualità (su richiesta) per assistervi nell’analisi dei dati
WORKFLOW:
QC of the genomic DNA
- Measurement of DNA concentration
- Assessment of DNA quality
Library Preparation:
WGBS
- gDNA shearing on Bioruptor Pico (not necessary for cfDNA or FFPE)
- Bisulfite conversion
- Library preparation
- QC of the WGBS libraries (DNA concentration, analysis of the profile)
EM-seq
- gDNA shearing on Bioruptor Pico (not necessary for cfDNA or FFPE)
- Library preparation with Enzymatic conversion
- QC of EM-seq libraries (DNA concentration, analysis of the profile)
Deep sequencing
- Samples are sequenced on Illumina platform, paired-end reads of 150bp length (PE150)
- 400M raw reads on average per samples (when pooling 6 samples/lane)
- Theoretical Coverage >30X for human, mouse and rat samples
- Detection of >50 million CpGs with 6-9X average CpG coverage for human samples
Analisi Bioinformatiche
Analysis |
Features |
| Standard | Standard files provided:
|
| Differential methylation analysis | Identification of differentially methylated CpGs between sample groups.
Files provided:
|
| Gene ontology terms analysis | Enrichment analysis on gene sets. Gene Ontology terms that are overrepresented in differentially bound regions may indicate the underlying biological processes involved. |
| Pathway analysis | Identify biochemical pathways in which genes associated with differentially methylated regions (or individual differentially methylated CpGs) may be overrepresented. |
| G02040000 | WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) and EM-seq (Enzymatic Methylation) Service | Custom |
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