ATAC-seq Service

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) consente di valutare l’accessibilità della cromatina a livello di genoma. La tecnologia si basa sull’uso della trasposasi Tn5 che taglia la cromatina aperta esposta e contemporaneamente lega gli adattatori per la successiva amplificazione e sequenziamento.

Valutare le regioni aperte della cromatina alla risoluzione del singolo nucleotide

• Ottieni informazioni sulla regolazione genica e comprendi le firme della cromatina aperta
• Determina le posizioni dei nucleosomi alla risoluzione del singolo nucleotide
• Scopri l’occupazione del fattore di trascrizione (TF).
• Approfitta di un servizio completo: tagmentazione, preparazione della libreria, sequenziamento e analisi

ATAC-seq service comprende

Analisi standard
Sono inclusi il controllo di qualità, l’allineamento al genoma di riferimento, l’identificazione delle regioni arricchite (chiamata di picco).

File forniti:

Report con statistiche di sequenziamento
Dati grezzi in formato FASTQ
Rapporti FastQC
File di allineamento in formato BAM
File di picco in formato BED

Ulteriori analisi su richiesta:

Analisi dell’accessibilità differenziale: Identificazione e annotazione (umana, topo, ratto, drosofila) dell’accessibilità differenziale della cromatina tra i campioni.

File forniti:

• Rapporto con riepilogo dell’analisi e grafici dell’accessibilità differenziale
• File contenenti siti di accessibilità differenziale o picchi univoci e ripartizione di questi nelle regioni annotate: introni, esoni, promotori, TSS upstream da 1 a 5 kb e regioni intergeniche per uomo, topo, ratto e drosophila.

Annotazione nelle regioni genomiche: Annotazione dei picchi ATAC-Seq con regioni genomiche: introni, esoni, promotori, TSS upstream da 1 a 5 kb e regioni intergeniche per uomo, topo, ratto e drosophila.

Analisi dei termini di ontologia genica: Analisi di arricchimento su set di geni. I termini di Gene Ontology che sono sovrarappresentati nelle regioni differenzialmente legate possono indicare i processi biologici sottostanti coinvolti.

Analisi del pathway: Identificare percorsi biochimici in cui i geni associati a regioni differenzialmente metilate (o singoli CpG differenzialmente metilati) possono essere sovrarappresentati.

Visualizzazione di regioni genomiche specifiche: Visualizzazione dei risultati (ad es. dati di sequenziamento, picchi) in specifiche regioni genomiche (ad es. geni, promotori) in immagini pronte per la pubblicazione (umano, topo, ratto).

Informazioni aggiuntive: I file generati saranno disponibili per il download per 1 mese e archiviati per un ulteriore periodo di 3 mesi sui server di Diagenode. Su richiesta è disponibile un’ulteriore archiviazione a lungo termine dei dati. I campioni originali vengono conservati presso Diagenode per 12 mesi dopo il completamento del progetto, ma verranno eliminati una volta superato questo periodo. La spedizione di ritorno dei campioni è disponibile su richiesta.

Contattateci per maggiori informazioni

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Shearing Tecnologies	Anticorpi Epigenetica

L’immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) accoppiata con high-throughput sequencing come un metodo di rilevazione ( ChIP -Seq) è diventato uno dei metodi principali per le ricerche epigenomiche, vale a dire per indagare l’interazione proteina-DNA su scala genomica.

Questa tecnica viene ora utilizzata in una varietà di discipline in life science tra cui la differenziazione cellulare, silenziamento genico soppressore del tumore, e effetto delle modificazioni degli istoni sull’espressione genica.

Servizi:

Histone ChIP-Seq: fino a 10.000 cellule

Active promoters: H3K4me3 enrichment
Inactive promoters: H3K27me3 enrichment
Enhancers: H3K4me1 and H3K27ac enrichment in regulatory regions
Active gene bodies: H3K36me3

Transcription Factors ChIP-Seq:

CTCF: transcriptional repressor and insulator activity
p300/CBP: histone acetyltransferase
Pol II, p53, and more
Epigenetic writers, readers, erasers
Nuclear receptors
Tumor suppressor genes

ChIP-seq a vostra portata di mano: Servizio completo dalla A alla Z

• Competenza Diagenode: 10 anni di esperienza in ChIP-Seq e partner ufficiale di IHEC-BLUEPRINT Epigenome Consortia
• Supporto personalizzato per soddisfare le vostre esigenze
• Un esperto coordina in sede il vostro progetto
• Dati di elevata qualità con standard ENCODE
• Risutati forniti in 8-10 settimane (standard project)

1		Shearing della Cromatina Chromatin shearing uutilizzando tecnologia Bioruptor® Isothermal chromatin shearing, conservazione degli epitopi Distribuzione omogenea dei frammenti Più di 3,000 citazioni Bioruptor in  publicazioni peer-reviewed
2		Immunoprecipitazione della Cromatina Ampia scelta tra più di 200 anticorpi ChIP & ChIP-Seq grade Automazione dei campioni per risultati riproducibili inputs da 10.000 cells/IP Protocolli ChIP ottimizzati per massimizzare rapporto segnale-rumore
3		Preparazione Library e Sequencing Prearazione librerie per piccole qiantità di DNA (50 pg) Amplificazione PCR ridotta per ridurre bias Straordinari risultati di sequenziamento (high coverage, low duplicate) Disponibili corse rapide per tempi di consegna più brevi

Suite Completa di analisi bioinformatica

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Shearing Technologies	Anticorpi Epigenetica

Infinium MethylationEPIC Array V2.0

E’ una tecnica di analisi della metilazione del DNA a livello di genoma basata sulla conversione del bisolfito e sulla tecnologia Illumina®. Consente di rilevare quantitativamente il livello di metilazione totale di oltre 930.000 siti di metilazione in tutto il genoma umano alla risoluzione di un singolo nucleotide. Offre una copertura completa delle isole CpG, delle regioni enhancer, dei siti di cromatina aperti e di altre regioni importanti del metiloma con contenuti più estesi rispetto a EPIC v1.0.

Copertura completa dell’intero genoma

• Soluzione conveniente con tempi di consegna rapidi
• Copertura migliorata dell’intero Genoma
• Oltre 930.000 CpG rilevati in campioni umani alla risoluzione di un singolo nucleotide
• Elevata percentuale di sonde sovrapposte alla versione precedente e 150.000 nuovi CpG coperti
• Più del 99% di correlazione nei valori di metilazione con EPIC v1.0
• Compatibile con campioni FFPE con ulteriore passaggio obbligatorio di ripristino del DNA
• I servizi end-to-end includono conversione bisolfito, ibridazione di array e controllo qualità dei dati
• Opzione di analisi bioinformatica: analisi comparativa, data mining

Workflow

• Bisulfite conversion
• Whole genome amplification
• Array hybridization
• Single base extension
• Array scanner

Analisi Bioinformatiche

.

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Shearing Technologies	Anticorpi Epigenetica

RRBS (Bisulfite Sequencing): copertura superiore per gli studi di metilazione del DNA veloce e conveniente

• Copertura superiore: 4 milioni CpGs
• High throughput: 96 campioni processati in un unico esperimento
• Cost-efficient: Multiplex up to 6 samples/sequencing lane
• Efficienza elevata e bias minimi: degradazione del DNA bassa e amplificazione ridotta
• Soluzione completa: digestione enzimatica, preparazione libreria, conversione bisolfito, sequencing e analisi bioinformatica
• Risutati forniti in 8-10 settimane (standard project)

1		Copertura Superiore Comparazione della copertura CpG tra tecnologie competitrici They love it! The new Diagenode Premium RRBS Kit makes it easy to use RRBS cost-effectively and with high throughput, using early sample pooling and multiplex sequencing. Most importantly, the method provides an improved coverage of up to 4 million CpGs for the human genome. We successfully used this protocol on more than 1,000 samples comprising of six different species, various cancers, FFPE and lowinput samples. Paul Datlinger and Christoph Bock, CeMM Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Vienna, Austria
2		Accurata determinazione del livello di metilazione del DNA Ottimi risultati sono stati ottenuti utilizzando il kit di Diagenode Premium RRBs : il tasso di allineamento è quasi del 90% , 4,1 milioni di CPGs coperti e tassi di conversione bisolfito intorno al 99,5 % per tutti i campioni. Percentuale di metilazione del DNA nella regione di IGF2 ottenuto con Kit Diagenode Premium RRBs. Sono stati analizzate due linee di cellule umane: Gm12878 e MCF7. La linea cellulare MCF7 è stato studiata in duplicati. Ogni picco rappresenta la percentuale di metilazione del DNA in una CpG .
3		Come lavora Tagliando il genoma utilizzando l’enzima di restrizione MspI ( siti bersaglio CCGG ), seguita da selezione del frammento, il DNA è arricchito per rappresentare le regioni genomiche ricche in CpG (comprese le isole CpG, i confini delle regioni CpG, enhancer e altri elementi gene-regolatori), che sono particolarmente rilevanti per la regolazione epigenetica. Simile al sequenziamento esama per la scoperta di mutazione, il protocollo RRBs arricchisce per alcune delle regioni bersaglio più interessanti e quindi ottiene una diminuzione dei costi di sequenziamento di un fattore di 10-20 rispetto sequenziamento bisolfito del genoma completo.

Suite Completa di analisi bioinformatica

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WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) and EM-seq (Enzymatic Methylation) Service

Il sequenziamento del bisolfito dell’intero genoma (WGBS) e la metilazione enzimatica (EM-seq) sono i metodi di scelta per ottenere un profilo completo di metilazione del DNA, valutando i modelli di metilazione di quasi tutti i siti CpG dell’intero genoma. Confrontando la proporzione di citosine non convertite e convertite nella stessa posizione, i livelli di metilazione sono determinati con precisione.

Il sequenziamento della metilazione a livello di genoma (WGBS e EM-seq) fornisce informazioni approfondite sulla regolazione genica, consentendo l’identificazione di nuovi marcatori epigenetici e bersagli per la malattia.

Analisi approfondita della metilazione del DNA

• Soluzione molto potente per la scoperta di biomarcatori a livello di genoma compatibile con campioni di cfDNA e FFPE a basso input e altamente frammentati
• Risoluzione a singolo nucleotide
• Valutazione dello stato di metilazione di quasi tutti i siti CpG dell’intero genoma
• Rilevamento di modelli di metilazione globali anche al di fuori delle isole CpG e in regioni a bassa densità di CpG
• Identificazione di regioni o anche loci con metilazione differenziale tra gruppi utilizzando strumenti bioinformatici
• Identificazione del pattern di metilazione/firma predittiva e discriminante di diversi gruppi con approccio di Data Mining
• Fornire una migliore comprensione dello sviluppo e della malattia

Servizio end-to-end completo

• Dal controllo qualità del DNA al sequenziamento dei dati grezzi
• Uno scienziato dedicato che guida il tuo progetto con una comunicazione high touch
• Supporto bioinformatico di alta qualità (su richiesta) per assistervi nell’analisi dei dati

WORKFLOW:

QC of the genomic DNA

• Measurement of DNA concentration
• Assessment of DNA quality

Library Preparation:

WGBS

• gDNA shearing on Bioruptor Pico (not necessary for cfDNA or FFPE)
• Bisulfite conversion
• Library preparation
• QC of the WGBS libraries (DNA concentration, analysis of the profile)

EM-seq

• gDNA shearing on Bioruptor Pico (not necessary for cfDNA or FFPE)
• Library preparation with Enzymatic conversion
• QC of EM-seq libraries (DNA concentration, analysis of the profile)

Deep sequencing

• Samples are sequenced on Illumina platform, paired-end reads of 150bp length (PE150)
• 400M raw reads on average per samples (when pooling 6 samples/lane)
• Theoretical Coverage >30X for human, mouse and rat samples
• Detection of >50 million CpGs with 6-9X average CpG coverage for human samples

Analisi Bioinformatiche

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