RRBS (Bisulfite Sequencing)

Comparazione della copertura CpG tra tecnologie competitrici

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The new Diagenode Premium RRBS Kit makes it easy to use RRBS cost-effectively and with high throughput, using early sample pooling and multiplex sequencing. Most importantly, the method provides an improved coverage of up to 4 million CpGs for the human genome. We successfully used this protocol on more than 1,000 samples comprising of six different species, various cancers, FFPE and lowinput samples.
Paul Datlinger and Christoph Bock, CeMM Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Vienna, Austria

Tagliando il genoma utilizzando l’enzima di restrizione MspI ( siti bersaglio CCGG ), seguita da selezione del frammento, il DNA è arricchito per rappresentare le regioni genomiche ricche in CpG (comprese le isole CpG, i confini delle regioni CpG, enhancer e altri elementi gene-regolatori), che sono particolarmente rilevanti per la regolazione epigenetica. Simile al sequenziamento esama per la scoperta di mutazione, il protocollo RRBs arricchisce per alcune delle regioni bersaglio più interessanti e quindi ottiene una diminuzione dei costi di sequenziamento di un fattore di 10-20 rispetto sequenziamento bisolfito del genoma completo.