ATAC-Seq Service

ATAC-seq Service

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) consente di valutare l’accessibilità della cromatina a livello di genoma. La tecnologia si basa sull’uso della trasposasi Tn5 che taglia la cromatina aperta esposta e contemporaneamente lega gli adattatori per la successiva amplificazione e sequenziamento.

Valutare le regioni aperte della cromatina alla risoluzione del singolo nucleotide

• Ottieni informazioni sulla regolazione genica e comprendi le firme della cromatina aperta
• Determina le posizioni dei nucleosomi alla risoluzione del singolo nucleotide
• Scopri l’occupazione del fattore di trascrizione (TF).
• Approfitta di un servizio completo: tagmentazione, preparazione della libreria, sequenziamento e analisi

ATAC-seq service comprende

Analisi standard
Sono inclusi il controllo di qualità, l’allineamento al genoma di riferimento, l’identificazione delle regioni arricchite (chiamata di picco).

File forniti:

Report con statistiche di sequenziamento
Dati grezzi in formato FASTQ
Rapporti FastQC
File di allineamento in formato BAM
File di picco in formato BED

Ulteriori analisi su richiesta:

Analisi dell’accessibilità differenziale: Identificazione e annotazione (umana, topo, ratto, drosofila) dell’accessibilità differenziale della cromatina tra i campioni.

File forniti:

• Rapporto con riepilogo dell’analisi e grafici dell’accessibilità differenziale
• File contenenti siti di accessibilità differenziale o picchi univoci e ripartizione di questi nelle regioni annotate: introni, esoni, promotori, TSS upstream da 1 a 5 kb e regioni intergeniche per uomo, topo, ratto e drosophila.

Annotazione nelle regioni genomiche: Annotazione dei picchi ATAC-Seq con regioni genomiche: introni, esoni, promotori, TSS upstream da 1 a 5 kb e regioni intergeniche per uomo, topo, ratto e drosophila.

Analisi dei termini di ontologia genica: Analisi di arricchimento su set di geni. I termini di Gene Ontology che sono sovrarappresentati nelle regioni differenzialmente legate possono indicare i processi biologici sottostanti coinvolti.

Analisi del pathway: Identificare percorsi biochimici in cui i geni associati a regioni differenzialmente metilate (o singoli CpG differenzialmente metilati) possono essere sovrarappresentati.

Visualizzazione di regioni genomiche specifiche: Visualizzazione dei risultati (ad es. dati di sequenziamento, picchi) in specifiche regioni genomiche (ad es. geni, promotori) in immagini pronte per la pubblicazione (umano, topo, ratto).

Informazioni aggiuntive: I file generati saranno disponibili per il download per 1 mese e archiviati per un ulteriore periodo di 3 mesi sui server di Diagenode. Su richiesta è disponibile un’ulteriore archiviazione a lungo termine dei dati. I campioni originali vengono conservati presso Diagenode per 12 mesi dopo il completamento del progetto, ma verranno eliminati una volta superato questo periodo. La spedizione di ritorno dei campioni è disponibile su richiesta.

Contattateci per maggiori informazioni

Prodotti Correlati

Shearing Tecnologies	Anticorpi Epigenetica