ATAC-Seq Service

ATAC-seq Service

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) consente di valutare l’accessibilità della cromatina a livello di genoma. La tecnologia si basa sull’uso della trasposasi Tn5 che taglia la cromatina aperta esposta e contemporaneamente lega gli adattatori per la successiva amplificazione e sequenziamento.

Valutare le regioni aperte della cromatina alla risoluzione del singolo nucleotide

• Ottieni informazioni sulla regolazione genica e comprendi le firme della cromatina aperta
• Determina le posizioni dei nucleosomi alla risoluzione del singolo nucleotide
• Scopri l’occupazione del fattore di trascrizione (TF).
• Approfitta di un servizio completo: tagmentazione, preparazione della libreria, sequenziamento e analisi

ATAC-seq service comprende

Analisi standard
Sono inclusi il controllo di qualità, l’allineamento al genoma di riferimento, l’identificazione delle regioni arricchite (chiamata di picco).

File forniti:

Report con statistiche di sequenziamento
Dati grezzi in formato FASTQ
Rapporti FastQC
File di allineamento in formato BAM
File di picco in formato BED

Ulteriori analisi su richiesta:
Analisi dell’accessibilità differenziale:
Identificazione e annotazione (umana, topo, ratto, drosofila) dell’accessibilità differenziale della cromatina tra i campioni.

File forniti:

Rapporto con riepilogo dell’analisi e grafici dell’accessibilità differenziale
File contenenti siti di accessibilità differenziata o picchi univoci e suddivisione di quelli nelle regioni annotate: introni, esoni, promotori, TSS a monte da 1 a 5 kb e regioni intergeniche per uomo, topo, ratto e drosofila.
Annotazione nelle regioni genomiche:
Annotazione dei picchi ATAC-Seq con regioni genomiche: introni, esoni, promotori, TSS a monte da 1 a 5 kb e regioni intergeniche per uomo, topo, ratto e drosofila.

Analisi dei termini di ontologia genica
Analisi di arricchimento su set di geni. I termini di Gene Ontology che sono sovrarappresentati nelle regioni differenzialmente legate possono indicare i processi biologici sottostanti coinvolti.

Analisi del pathway
Identificare percorsi biochimici in cui i geni associati a regioni differenzialmente metilate (o singoli CpG differenzialmente metilati) possono essere sovrarappresentati.

Visualizzazione di regioni genomiche specifiche
Visualizzazione dei risultati (ad es. dati di sequenziamento, picchi) in specifiche regioni genomiche (ad es. geni, promotori) in immagini pronte per la pubblicazione (umano, topo, ratto).

Informazioni aggiuntive
I file generati saranno disponibili per il download per 1 mese e archiviati per un ulteriore periodo di 3 mesi sui server di Diagenode. Su richiesta è disponibile un’ulteriore archiviazione a lungo termine dei dati. I campioni originali vengono conservati presso Diagenode per 12 mesi dopo il completamento del progetto, ma verranno eliminati una volta superato questo periodo. La spedizione di ritorno dei campioni è disponibile su richiesta.

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