Library preparation for ChIP-seq

La preparazione delle librerie dopo ChIP può essere difficile a causa della quantità limitata di DNA recuperato dopo ChIP. Diagenode ha sviluppato soluzioni ottimali per ChIP-seq utilizzando due approcci diversi: la preparazione delle librerie basata sulla ligazione su DNA purificato o la ChIPmentazione basata sulla tagmentazione.

MicroPlexLibrary preparation kits di Diagenode sono stati ampiamente convalidati per i campioni ChIP-seq. Le librerie generate sono compatibili con il sequenziamento single-end o paired-end. La chimica MicroPlex (che utilizza adattatori stem-loop) è specificamente sviluppata e ottimizzata per generare librerie di DNA con elevata complessità molecolare dalle quantità di input più basse. Per la preparazione della libreria sono necessari solo da 50 pg a 50 ng di DNA frammentato a doppia elica. L’intero flusso di lavoro in tre fasi si svolge in una singola provetta o in un pozzetto in circa 2 ore. Non sono necessari passaggi di purificazione intermedi e trasferimenti di campioni per evitare errori di manipolazione e perdita di campioni preziosi.

Caratteristiche

• Campione: dsDNA frammentato
• Basso input: 50 pg – 50 ng
• Protocollo veloce: 2 ore
• Facile lavorazione: 3 passaggi in 1 tubo
• Nessuna purificazione intermedia
• Tecnologia di sequenziamento: Illumina
• Protocolli manuali e automatizzati disponibili

Applicazioni

• ChIP-seq library prep from ChIP-derived DNA
• Low input DNA sequencing

Sono disponibili 2 versioni:

Microplex Library Preparation kit V2 with single indexes: contiene tutti i reagenti necessari, inclusi i singoli indici per il multiplexing di un massimo di 48 campioni utilizzando un singolo codice a barre. kit V2 with single indexes

Microplex Library Preparation kit V3 with double indexes: in questa versione i reagenti per la preparazione della libreria e gli indici dei primer sono disponibili separatamente consentendo la flessibilità.

Kits

Indici

Il TAG Kit for ChIPmentation offre una soluzione ottimizzata per la preparazione delle librerie ChIP-seq basata sulla tagmentazione. Questo kit include reagenti per la preparazione di librerie basate su tagmentazione integrati nell’IP ed è compatibile con qualsiasi protocollo ChIP basato su biglie magnetiche. Gli indici di base per il multiplexing devono essere acquistati separatamente e sono disponibili come riferimento: 24 UDI per le librerie Tagmented, Cat. N. C0101134. In alternativa, per le marcature istoniche, Diagenode propone la soluzione completa (inclusi tutti i buffer per ChIP, tagmentation e multiplexing): ChIPmentation per gli istoni e μChIPmentation per gli istoni.

Caratteristiche

• Campione: chromatin-antibody-magnetic beads complexes
• Input: cromatina da 5 K – 4 M cells
• Protocollo facile e veloce
• Compatibile con qualsiasi protocollo ChIP con biglie magnetiche
• No adapter dimers
• Sequencing technology: Illumina

Applicazioni

TAG kit for ChIPmentation

• ChIPmentation library preparation

24 SI for for ChIPmentation

• ChIPmentation library preparation
• Tagmentation-based library preparation methods like ATAC-seq, CUT&Tag

Kits

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