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ATAC-seq Kit
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ATAC-seq, Assay for Transposase-Accessible Chromatin, seguito dal sequenziamento NGS, è una tecnologia chiave per la mappatura dell’intero genoma della cromatina accessibile. La tecnologia si basa sull’uso della trasposasi Tn5 che taglia la cromatina aperta esposta e lega contemporaneamente gli adattatori per la successiva amplificazione e sequenziamento.
I metodi ATAC-seq consentono di:
- Ottenere informazioni sulla regolazione genica e comprendere le parti aperte della cromatina
- Determinare le posizioni dei nucleosomi alla risoluzione di un singolo nucleotide
- Scoprire la parte occupata del fattore di trascrizione (TF).
Il kit ATAC-seq di Diagenode si basa su un protocollo altamente convalidato ottimizzato per 50.000 cellule per reazione. Il kit comprende i reagenti per la lisi cellulare e l’estrazione dei nuclei, la tagmentazione e la purificazione del DNA, nonché per l’amplificazione della libreria. Gli indici di primer per multiplexing non sono inclusi nel kit e devono essere acquistati separatamente.
Cartteristiche Kit ATAC-seq
- Fabbisogno cellulare: 50.000 cellule/rxn
- Protocollo robusto con elevata riproducibilità tra repliche ed esperimenti ripetitivi
- Cattura del DNA facile ed efficiente dopo la reazione di tagmentazione utilizzando le colonne MicroChIP DiaPure di Diagenode (incluse)
- Fase qPCR aggiuntiva per determinare il numero di cicli necessari per l’amplificazione della libreria:
- Evita l’eccessiva amplificazione
- Consente adattamento/flessibilità per campioni più impegnativi per avere successo con la preparazione della libreria.
- Fornisce un’indicazione precoce se l’esperimento non funziona (nessuna amplificazione qPCR)
# | Codice Prodotto | Descrizione | Formato |
---|---|---|---|
1 | C01080002 | ATAC-seq kit | 24 rxns |
2 | C01080001 | ATAC-seq kit | 8 rxns |
Solizioni addizionali per ATAC-seq
Primer indexes for tagmented libraries:
- 24 SI for Tagmented libraries Cat. No. C01011032
- 8 SI for Tagmented libraries Cat. No. C01011033
- 24 UDI for Tagmented libraries – Set I, Cat. No. C0101134
- 8 UDI for Tagmented libraries, Cat. No. C0101135
- 24 UDI for Tagmented libraries – Set II, Cat. No. C0101136
- 24 UDI for Tagmented libraries – Set III, Cat. No. C0101137
Magnetic rack: DiaMag 0.2 ml – Cat. No. B04000001
Additional supplies (included in the kit and available separately):
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