ATAC-seq Kit

ATAC-seq, Assay for Transposase-Accessible Chromatin, seguito dal sequenziamento NGS, è una tecnologia chiave per la mappatura dell’intero genoma della cromatina accessibile. La tecnologia si basa sull’uso della trasposasi Tn5 che taglia la cromatina aperta esposta e lega contemporaneamente gli adattatori per la successiva amplificazione e sequenziamento.

I metodi ATAC-seq consentono di:

• Ottenere informazioni sulla regolazione genica e comprendere le parti aperte della cromatina
• Determinare le posizioni dei nucleosomi alla risoluzione di un singolo nucleotide
• Scoprire la parte occupata del fattore di trascrizione (TF).

Il kit ATAC-seq di Diagenode si basa su un protocollo altamente convalidato ottimizzato per 50.000 cellule per reazione. Il kit comprende i reagenti per la lisi cellulare e l’estrazione dei nuclei, la tagmentazione e la purificazione del DNA, nonché per l’amplificazione della libreria. Gli indici di primer per multiplexing non sono inclusi nel kit e devono essere acquistati separatamente.

Cartteristiche Kit ATAC-seq

• Fabbisogno cellulare: 50.000 cellule/rxn
• Protocollo robusto con elevata riproducibilità tra repliche ed esperimenti ripetitivi
• Cattura del DNA facile ed efficiente dopo la reazione di tagmentazione utilizzando le colonne MicroChIP DiaPure di Diagenode (incluse)
• Fase qPCR aggiuntiva per determinare il numero di cicli necessari per l’amplificazione della libreria:
  • Evita l’eccessiva amplificazione
  • Consente adattamento/flessibilità per campioni più impegnativi per avere successo con la preparazione della libreria.
  • Fornisce un’indicazione precoce se l’esperimento non funziona (nessuna amplificazione qPCR)

Solizioni addizionali per ATAC-seq

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