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OneArray® Rice Microarray

RiceOA Caratteristiche:

  • 21,179 sonde genoma di ratto e 824 sonde controlli
  • Sonde polinucleotidiche altamente sensibili 60-mer sense-strand
  • Formato slide standard 1″ X 3″ (25mm x 75mm)
  • Eccellente riproducibilità dati con CV<6%
  • Copertura geni basata su RGAP versione 6.1 e BGI v2008 database
  • Elevata correlazione con Real Time PCR
  • Ogni sonda è spottata sull’array in maniera efficace tramite una tecnologia innovativa “non-contact” adattata e perfezionata per la fabbricazione dei microarray.

RiOA_001 Rice Whole Genome OneArray® Microarray, 10 arrays

Rice OneArray® Probe Set Content
Probe Type Number of Probes
Total Probes 22,003 (total)
Content Probes

  • Japonica
  • Indica
20,302

13,110

Control Probes 824
Rice OneArray® Performance

La tabella accanto mostra i risultati ottenuti utilizzando 5 Rice OneArray DNA Microarrays.

2.5 ug di Rice Root Reference total RNA (Ambion) sono stai amplificati utilizzando Amino Allyl MessageAmp™ Kit (Ambion). Per l’ibridazione, 10 ug di aRNA sono stati marcati con Cy5,e analizzati con uno scanner Agilent*.

*Axon scanner settings:
PMT / Power: 600/100;
Filter: F635.Median – B635.Mean >2.6 B635 sd.

Rice OneArray® Whole Genome Hybridization
Spot Number Spot Percentage Average Signal Intensity
Average Value 18,920 89.3% 3,635
CV 3.20% 3.20% 5.76%
Correlazione con Real Time PCR

Per confermare le performance OneArray, i dati ottenuti con rat microarray sono stati validati in qPCR su campioni Rice Root Reference e Rice Shoot Reference RNA. 66 geni sono stati selezionati in maniera random dal range di detection lineare del microarray dataset e confrontati con i risultati di qPCR. E’ stata verificata un eccellente correlazione alla qPCR (R = 0.978) , offrendo una forte sicurezza di elevata fedeltà nei vostri studi microarray.

rice_qPCR




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