Sonde LNA Double Dye
Le basi LNA® hanno una modifica alla struttura del ribosio che lega la base alla posizione C3′-endo, che favorisce una geometria a doppia elica RNA tipo A. Cambiando la conformazione dell’elica e incrementando a stabilità delle doppia elica, l’integrazione di basi LNA® nelle sonde Double-Dye probes apre grandi prospettive nell’incremento di tecnologie che richiedono sonde ad elevata affinità il più specifico possibile come SNP detection, profilo d’espressione, e ibridazione in situ. Le basi LNA® possono essere tranquillamente incorporate negli oligonucleotidi Double-Dye.
 Base LNA |
Dal momento che le basi LNA® incrementano significativamente la Tm, le sonde LNA® Double-Dye sono più corte degli oligonucleotidi DNA Double-Dye.
Sonde più brevi hanno un quenching migliore, un più alto signal-to-noise ratio e perciò sono più sensibili. Più importante, le sonde LNA® Double-Dye offrono una maggiore abilità nel distinguere mutazioni o polimorfismi singolo nucleotide (SNPs). Le sonde DNA Double-Dyes hanno tipicamente uan ΔTm di 4-5 °C tra l’ibridazione perfect match e il mismatch. Sonde simili ma che contengono basi LNA® possono avere una ΔTm > 15 °C, che aumenta l’accuratezza nella discriminazione allelica nei saggi Real-Time qPCR. Paragonati alle sonde DNA Double-Dye probe, le sonde LNA® Double-Dye hanno maggiori vantaggi : mostrano una stabilità termica senza precedenti tra DNA e RNA complementare. Le basi LNA® hanno una discriminazione mimatch superiore. L’elavata affinità di legame permette l’uso di sonde più corte. Offrono alta specificità e/o riproducibilità. Inoltre, LNA® offre la possibilità di regolate i valori di Tm di primers e sonde in saggi multiplex. A seconda della sequenza, l’inserzione di una base LNA® in un oligo DNA può aumentare la Tm di 3-6 °C. Generalmente in una sonda LNA® Double-Dye vengono inserite da 3 a 5 basi LNA®. Grazie alla collaborazione di esperti scienziati, siamo in grado di fornire un servizio di disegno di sonde LNA® Double-Dye probes per qualsiasi applicazione incluso sostituzione sonde MGB Taqman®, espressione genica e analisi SNP. Tutte le sonde LNA® Double-Dye sono purificate HPLC purifed, controllate tramite HPLC analitica e MALDI-TOF Mass Spectrometry. La lunghezza ottimale raccomandata per le sonde LNA® Double-Dye è di 20-25 basi. |
