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Servizio RNA-Seq

Diagenode utilizza la tecnologia di proprietà CATS per la preparzione di librerie RNA-seq

Idela per campioni low input
Dimostrato di rilevare più trascritti rispetto a qualsiasi altra metodica commerciale
Range completo di servizi RNA-seq inclusa la quantificazione di trascritti noti:
- small RNA-seq (compresi small non-coding RNA come miRNA)
- mRNA-seq
- Long non-coding RNA-seq
- Whole transcriptome sequencing

Controllo qualità RNA	Misura della concentrazione così come determinazione vlore RIN (RNA integration number).
Preparazione libreria	Preparazione libreria CATS RNA-seq, tecnologia ligation-free di brevetto che mantiene la specificità del filamento utilizzato. Inclusi in parallelo controllo RNA positivo e controllo negativo (H2O). Su richiesta può essere compreso uno spike-in (ERCC spike-in mix or cel-miR-39-3p). QC prima del sequencing (quantificazione e dimensione frammento).
Sequencing	Single-read, 50 bp (paired-end su richiesta) miRNA e small RNA-seq: on average 10 million reads/sample. mRNA-seq: on average 40 million reads/sample. Total RNA-seq: on average 40 million reads/sample.

Suite Completa di analisi bioinformatica

Analysis	Features
Standard	Alignment to reference genome and quantification of known genes and/or transcripts is included.
Differential expression	differential expression testing between samples for genes and/or transcripts.
Gene ontology terms analysis	analysis of differentially expressed gene sets. Gene Ontology terms that are overrepresented in differentially expressed genes may indicate the underlying biological processes involved
Pathway analysis	identification of biochemical pathways in which genes associated with differential expression may be overrepresented.

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