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La sequenza ‘stelo’ mantiene il fluoroforo e quencher insieme, ma solo in assenza di una sequenza complementare alla sequenza ‘loop’. Finché il fluoroforo e il quencher sono nelle immediate vicinanze, eventuali fotoni emessi dal fluoroforo sono assorbiti dal quencher. Questo fenomeno è chiamato quenching collisionale (o prossimale). In presenza di una sequenza complementare, la sonda si apre e si ibrida al bersaglio, il fluoroforo viene spostato dal quencher, che non può più assorbire i fotoni emessi dal fluoroforo, e la sonda inizia a fluorescere. La quantità di segnale è proporzionale alla quantità di sequenza bersaglio, e viene misurata in tempo reale per consentire la quantificazione della quantità di sequenza bersaglio.
Eurogentec è un fornitore autorizzato di Molecular Beacons, e offre un gran numero di reporter fluorescenti e quencher. Tutti i Molecular Beacons sono forniti dopo doppia purificazione HPLC e controllo mediante HPLC analitica e MALDI-TOF MS. La lunghezza massima dei Molecular Beacons standard, con un 3′ DABCYL è di 45 basi. Molecular Beacons sono forniti liofilizzati in singoli tubi. Eurogentec determina su richiesta del rapporto segnale-rumore (STNR) per ogni Beacons da ibridare alla sua sequenza complementare e confrontando la fluorescenza al background. Per Beacons marcati FAM, il STNR deve essere> 15. Tutti gli altri coloranti richiedono un rapporto segnale-rumore> 10 .
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